El hijo de la Infanta Pilar supo que estaba enfermo poco después del funeral de su hermano Fernando. Decidió que se quedaría en España, donde falleció a los 54 años.
El cáncer ha sido muy cruel con los Gómez-Acebo de Borbón. A Luis Gómez-Acebo se le detectó un cáncer linfático en 1984, y falleció 7 años después a los 56 años. En mayo de 2019 se supo que la Infanta Pilar también padecía esta enfermedad. El 8 de enero de 2020 moría a los 83 años debido al cáncer de colon y a una dolencia pulmonar que le provocaba bronquitis.
Su hijo pequeño, Fernando Gómez-Acebo, no murió de cáncer, pero sí falleció de forma prematura el 1 de marzo de 2024 a los 49 años por una enfermedad pulmonar, mientras que el segundo de los vástagos de los Duques de Badajoz sí murió de cáncer. Juan Gómez-Acebo falleció el 12 de agosto de 2024 a los 54 años.El Vizconde de la Torre logró que no trascendiera una enfermedad que fue rápida y agresiva y que se le detectó pocos meses antes de su fallecimiento. Todo sucedió en marzo de 2024, cuando le avisaron de que a su hermano Fernando le quedaba muy poco tiempo de vida. Juan Gómez-Acebo, que vivía entonces en Miami con su pareja, Teresa Véret, viajó lo más rápido posible a Madrid para poder despedirse de él personalmente. Lamentablemente, no llegó a tiempo.
Después tuvo lugar el funeral, donde como señala Carmen Duerto en El Debate, una amiga que estuvo presente le escuchó toser de forma frecuente. Esa tos no le gustó y le dijo que debería ir al médico lo antes posible. El sobrino del Rey Juan Carlos le hizo caso y fue al día siguiente. Tras hacerle pruebas le detectaron un cáncer muy agresivo con metástasis en varios órganos vitales.Su exmujer y su hijo le acompañaron
Al saber que estaba tan enfermo y que le quedaba poco tiempo de vida, optó por no volver a Estados Unidos y quedarse en España con su familia. Su exmujer, Winston Holmes Carney, decidió viajar a España y que el hijo que tuvieron en común, Nicolás, pasara el mayor tiempo posible con su padre en sus últimos meses de vida.
A pesar de la gravedad de su estado, quiso viajar a Mallorca, la isla en la que los Gómez-Acebo han veraneado siempre en la casa que tenía la Infanta Pilar y que se quedó Simoneta Gómez-Acebo tras llegar a un acuerdo con sus hermanos. Juan Gómez-Acebo quiso recordar aquellos felices veranos quizás sabiendo que era el último. Felipe VI, su primo, aprovechó los días que estuvo en Mallorca para visitarle y despedirse de él. El fatal desenlace era ya tristemente inevitable.