Sin embargo, aunque su primer trabajo cinematográfico de la mano de Achero Mañas le lanzó definitivamente a la fama, esa no fue la primera vez que Ballesta se puso frente a las cámaras. Tres años antes y a lo largo de 40 capítulos, el actor dio vida a Roberto en 'Querido maestro', la serie de televisión de finales de los noventa protagonizada por Imanol Arias, Emma Suárez y Jesús Bonilla, entre otros. A sus 10 años, el de Parla llevaba en pelo largo para meterse en la piel de su personaje.
Tras su debut estelar en la gran pantalla, por el que también fue galardonado como Mejor actor en los Premios de la Unión de Actores y en las Medallas del Círculo de Escritores Cinematográficos, Ballesta volvió a trabajar en televisión para interpretar el papel de Emilio Rubio Viñé durante 10 episodios de la ficción de Antena 3 'Compañeros', pero lo cierto es que, a excepción de una aparición episódica en la serie 'Paraíso' (2003) y de su participación en la tv movie 'Películas para no dormir: Regreso a Moira' (2006), el actor se dedicó enteramente al cine durante el resto de la década.
Prueba de su prometedora carrera fueron los tres títulos que estrenó en el año 2002. El parleño interpretó el papel de Finito Chacón en la aclamada adaptación cinematográfica de la novela 'El embrujo de Shanghai', dirigida por Fernando Trueba, dio vida a Elia en la comedia de Miguel Álvarez 'Mi casa es tu casa' y se metió en la piel de Tomiche en el drama de Imanol Uribe 'El viaje de Carol', donde volvió a coincidir con la actriz Clara Lago después de trabajar juntos en 'Compañeros' unos años antes.
Al año siguiente, Juan José Ballesta volvió a participar en otros dos largometrajes que le supusieron poder continuar con el gran éxito que había cosechado durante los años anteriores. Por un lado, el actor participó en su primer proyecto internacional interpretando el papel de Ernesto en 'Los niños de San Judas (Song for a Raggy Boy)'; por otro, fue muy reconocida su actuación en la comedia dramática de Antonio Mercero 'Planta 4ª', donde dio vida al personaje de Miguel Ángel.
Después su regreso al mundo de la interpretación, su presencia en la gran pantalla a finales de los año dos mil se fue disminuyendo hasta realizar una película por año. Así, protagonizó el drama de 2006 'Cabeza de perro' junto a Adriana Ugarte, el drama de 2007 'Ladrones' junto a María Valverde y el drama de 2008 'La casa de mi padre', donde volvió a trabajar con Emma Suárez. Fue entonces cuando se volvió a producir un impasse en la trayectoria profesional del actor, que con 20 años se convirtió en padre de su primer hijo - un niño llamado Antonio - junto a Verónica Rebollo, su pareja desde el año 2006.
Dos años después de alejarse de las cámaras, Ballesta retomó su carrera y lo hizo para adentrarse de nuevo en el formato televisivo de la mano de 'Hispania, la leyenda', la serie de Antena 3 en la que dio vida al personaje ficticio de Paulo a lo largo de 20 capítulos. Ese mismo año, el parleño estrenó la cinta basada en una historia real 'Entrelobos' (2010), así como 'Bruc, el desafío', la película histórica donde dio vida al protagonista de la leyenda del Tambor del Bruc.
Tras estrenar la década volviendo a participar en una serie y estrenando dos largometrajes, el actor quiso dedicarse a otros proyectos profesionales. Por un lado, se estrenó sobre las tablas del teatro, habiendo participado en las obras teatrales 'El nombre de la rosa' y 'Los tragos de la vida'. Por otro lado, regresó a la pequeña pantalla, pero no como actor, sino en calidad de concursante, tal y como le pudimos ver en los programas de 2013 'Splash! Famosos al agua' y 'Por arte de magia', así como también participó con su mujer - a quien cariñosamente llama 'la Vero' en el concurso '¡A bailar!' en 2014.
Actualmente trabaja en la serie 'Servir y proteger'
El pasado año, Ballesta volvió a actuar en una ficción televisiva, esta vez de manera episódica. Fue en la serie de Televisión Española 'El ministerio del tiempo', donde durante dos capítulos interpretó al personaje de Vicente González Toca, uno de 'los últimos de Filipinas'; mientras que en la actualidad y desde el pasado mes de abril, es uno de los protagonistas de la nueva serie diaria de la cadena pública. El actor interpreta el papel principal de Rober Batista en 'Servir y proteger', una ficción policíaca, ambientada en una comisaría de barrio, que cuenta con un reparto formado por Luisa Martín, Andrea del Río, Nicolás Coronado, Elisa Mouliaá, Juanjo Artero, Fernando Guillén Cuervo, Roberto Álvarez y Miguel Hermoso, entre otros muchos actores.
Y en cuanto a su futuro, Juan José Ballesta tiene pendiente de estreno 'Oro', un drama histórico de aventura que supone su regreso al cine cuatro años después de la que es su última película hasta la fecha, 'Indeleble'. En esta cinta dirigida por Agustín Díaz Yanes, que llegará a los cines el próximo 10 noviembre, el madrileño forma parte de un elenco de lujo compuesto por actores como José Coronado, Anna Castillo, Bárbara Lennie, Antonio Dechent o Juan Diego.