El ex Alcalde alcanzó mucha fama por su relación sentimental con Isabel Pantoja, relación que saltó por los aires y que terminó con ellos dos y con la exmujer de Muñoz, Mayte Zaldívar, en prisión, envueltos en el caso Malaya. El tiempo recondujo el vínculo con su exmujer, quien se volvió a casar con él pocos meses antes de su muerte y quien ha estado a su lado hasta el fin de sus días, acudiendo al hospital a diario para brindarle su apoyo incondicional. También sus dos hijas han estado apoyando a Julián Muñoz en todos los momentos clave en su vida, y más ahora que se encontraba tan grave.
Debido a la gravedad de su salud, consiguió el tercer grado, pero unas fotos suyas bailando en una fiesta hicieron que volviera de nuevo a la cárcel. El juez consideró que si estaba bueno para bailar sevillanas, también lo estaba para seguir cumpliendo condena. Salió definitivamente de la cárcel en mayo de 2016.
Su amor por Mayte Zaldívar
En su última aparición en televisión, retransmitida unos diez días antes de fallecer, expresó que tenía miedo a morir, pero también parecía encontrarse en paz, pese a todo, porque comentó: "En este momento soy absolutamente feliz". De algún modo esta intervención le sirvió para zanjar algunos asuntos, aprovechando la ocasión para disculparse con su mujer, Mayte Zaldívar, por todo el daño que le había causado: "Fui un sinvergüenza, engañé a Mayte con Isabel hasta delante de nuestro nieto". Incluso le declaró su amor: "Maite, te he querido mucho, no he dejado de quererte nunca, he perdido la olla, pero te sigo queriendo".