El político sufrió el 10 de junio de 2011 un tipo muy específico de cefalea que tenía síntomas parecidos al de un ictus que no le dejó secuelas. Rápidamente, se recuperó de este grave susto y pudo reincorporarse a la vida política. Pero en diciembre de 2012 tuvo que abandonar su carrera profesional alegando "razones personales y familiares". Poco después se descubrió que padecía un cáncer de pulmón contra el que ha estado luchando los últimos años.
La noticia también la ha publicado en su perfil de Twitter el secretario general del PSOE de Castilla y León con el siguiente mensaje: "Ha fallecido José Antonio Alonso. Gran ministro y servidor público. Todo el cariño del PSOE para la familia". Son varios los rostros famosos que han querido trasmitir sus condolencias a la familia y a los allegados de José Antonio Alonso.Pedro Sánchez, antiguo secretario general del PSOE, también ha utilizado la misma red social para mostrar su tristeza y su apoyo: "Todo mi cariño a la familia y amigos del compañero José Antonio Alonso. Hasta siempre". El perfil oficial del PSOE, partido en el que militó José Antonio Alonso, también se ha querido pronunciar: "Inmenso dolor por la muerte de nuestro compañero José Antonio Alonso, ejemplo de trabajo, integridad y socialismo".
Una volcada carrera política
José Antonio Alonso nació en León en 1960. Tuvo una relación muy cercana con el antiguo Presidente de España José Luis Rodríguez Zapatero. Estudiaron juntos en el instituto y en la universidad y sus carreras profesionales se unieron al militar juntos en el PSOE. Con tan solo 25 años se convirtió en juez y un año después se consolidó como juez penal en Madrid.